系统提供三种申报清册：“按期应申报”为纳税人必须按期应申报的税费种列表；“逾期申报”展示纳税人逾期未申报税费种列表；“其他申报”展示纳税人可自由申报的其他税种。
若纳税人近期有税费种认定、纳税人资格、备案等发生变动，页面展现清册与实际所需不符的，或者修改“申报月份”，需要点击页面的蓝色字体“重置申报清册”，重新生成应申报清册。
以“增值税（适用于一般纳税人）”为例子来描述流程。在应申报清册，选择“增值税（适用于一般纳税人）”，点击填写申报表。对于有多个功能的申报模块，系统会弹出选择框，供选择申报；如果只有一个功能则直接展示申报页面。
申报表的右上为功能按钮区。【暂存】系统不进行规则校验，直接保存当前填写信息，，【保存】系统先进行规则校验，再保存信息。【选表设置】供纳税人手工调整需要填报的申报附表。操作人员填写完申报表，直接点击【申报】，确认申报后，系统提交信息到金三核心系统，显示保存结果信息。
增值税一般纳税人申报成功后，弹出提示框，点击【确定】，页面自动跳转到附加税(费)申报页面。
如不在此页面申报附加税(费)，也可以在【按期应申报】界面进入附加税(费)申报。附加税(费)的申报流程与增值税申报类似。
其他申报主要以原地税申报表为主。
操作人员可在【网上申报表（财务报表）查询及打印】模块，对本渠道申报的报表进行查询打印。原地税税种查询打印请用对应功能模块
点击“下载PDF”，可“打开”或“保存”报表。
如果纳税人确认申报无误，可进行“税费缴纳”环节。系统支持“三方协议缴款”和“银行端缴款”两种模式。 签署了“三方协议缴款”的纳税人可直接进行网上缴款，纳税人也可以打印银行端缴款凭证，前往银行缴款。“未缴款凭证作废（解锁）”适用于缴款凭证打印失败后的作废或者三方协议扣款锁定后的解锁处理，处理成功后，纳税人可以继续进行税费缴纳。
若操作人员发现表单填写有误，可在【申报作废】模块，输入“税款所属期起”“税款所属期止”，点击“查询”，作废报表。
查询出申报的报表，点击“申报作废”。填写作废原因，点击“作废提交”进行作废。
海关缴款书、个人所得税生产经营所得申报、非税收入通用申报入口如下：
功能入口为：登录后主页- 清税注销税（费）申报及缴纳套餐
详细请参考注销登记操作说明。
原地税涉税事项入口为：我要办税-其他服务事项-原地税涉税事项
原地税税源信息登记入口为：我要办税-综合信息报告-税源信息报告
特别说明：以上行政审批，政府办公地点及电话均由网络收集，为了便于网民快速查看，不能保证信息的实时性及准确性，请参考当地政府官网门户网的准确信息为准。
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